Dr. Sobotka zahájil svou podnikatelskou kariéru po pádu komunistické vlády v Československu v roce 1989. Jako doktorand založil svou první společnost Corinex, jejímž cílem bylo zavést západní informační technologie do východní Evropy. Corinex zpočátku distribuoval diskové mechaniky a ethernetové karty Western Digital, později budoval sítě Novell pro československé firmy a během tří let rychle zvýšil své tržby na 10 milionů dolarů. Dr. Sobotka opustil společnost v roce 1992, aby se věnoval postdoktorandskému pobytu v Japonsku.
Po ukončení akademické činnosti založil Dr. Sobotka v roce 1996 svou druhou společnost, Corinex Group. Společnost Corinex využívala zdroje z jeho předchozího podniku a poskytovala služby síťové infrastruktury, včetně budování celostátních sítí pro společnost Slovak Telekom a konkurenční sítě pro konsorcium energetických společností na Slovensku. Kromě toho společnost Corinex vyvinula softwarová řešení pro fakturaci a implementovala integraci systému SAP pro Slovenský plynárenský průmysl.
V roce 1999 se skupina Corinex stala největší informační a komunikační společností na Slovensku, která dosáhla obratu přibližně 65 milionů dolarů a zaměstnávala 90 osob. Dr. Sobotka se v roce 2000 přesunul do Kanady, kde se po nástupu generálního ředitele společnosti Corinex Group začal soustředit na svůj další podnik. Uvědomil si potenciál v digitalizaci energetické infrastruktury po celém světě, a tak se pustil do technologie širokopásmového připojení přes elektrické vedení (BPL) a vybudoval společnost Corinex jako předního hráče v této oblasti.
Díky svým technickým znalostem a finančním prostředkům stál Dr. Sobotka v čele vývoje vysokorychlostní komunikace po elektrickém vedení a předpokládal její využití při řízení složitých energetických sítí. Společnost Corinex se úspěšně vypořádala s technickými výzvami spojenými s digitalizací rozvodných sítí, získala široké uznání a dominantní postavení na trhu v oblasti inteligentních sítí.
Dr. Sobotka se aktivně podílel na činnosti průmyslových organizací, jako jsou IEEE 1901, UPA a PRIME Alliance. Podílel se na mnoha patentech a výzkumných pracích týkajících se technologie BPL a zastával funkce ve významných výborech a organizacích, včetně Clinton Global Initiative a National Electricity Roundtable Canada.